تکثیر و همسانه سازی ژن پروتئین حرکتی ویروس لکه حلقوی نکروتیک هسته داران
کد مقاله : 1290-FIPPC (R2)
نویسندگان:
مهسا محمدلو *1، داود کولیوند2، حسین حمیدی بنایم2
1گیاهپزشکی،دانشکده کشاورزی،دانشگاه زنجان،زنجان،ایران
2دانشگاه زنجان- دانشکده کشاورزی- گروه گیاه پزشکی
چکیده مقاله:
ویروس لکه حلقوی نکروتیک درختان هسته‌دار (Prunus necrotic ring spot virus) از ویروس های مهم آلوده کننده درختان هسته دار است که در میزبان های مختلف سبب ایجاد علائم متفاوتی می‌کند و در درختان علائمی چون مرگ جوانه ها، کاهش رشد و ایجاد لکه های نکروز و غربالی می‌کند که در نهایت سبب کاهش کمی و کیفی محصول می‌شود . هدف از انجام این مطالعه، شناسایی ویروس لکه حلقوی بر اساس ژن پروتئین حرکتی از باغات برخی مناطق استان زنجان و همسانه سازی آن در باکتری E.coli به منظور تهیه سازه بیانی است. بدین منظور حدود 60 نمونه مشکوک به این ویروس بر اساس علائم توصیف شده جمع آوری شد. با توجه به جدایه های ویروس لکه حلقوی نکروتیک هسته داران در بانک ژن آغازگرهای مناسب برای تکثیر کامل ژن پروتئین حرکتی با استفاده از نرم افزار Primer Primer طراحی شدند. با توجه به اینکه قطعه تکثیر شده به منظور بیان در سیستم پروکاریوتی تکثیر خواهد شد محل برش آنزیم های مناسب (BamHI , SacI) در آغازگرهای مستقیم و معکوس جهت در قاب بودن ژن مورد نظر طراحی شد. با استفاده از آغازگرهای طراحی شده در آزمون پی سی آر قطعه مورد نظر تکثیر شد. جدایه های تکثیر یافته جهت بررسی تنوع زنتیکی تعیین توالی شدند و با استفاده از نرم افزار MEAG X جایگاه فیلوژنتیکی آنها بررسی شد. آنالیز فیلوژنتیکی نشان داد ارتباطی بین موقعیت جغرافیایی و میزبان با ژن پروتئین حرکتی وجود ندارد و جدایه های مورد بررسی در زیرگروه PV96-II قرار میگیرند. سپس ژن پروتئین حرکتی یکی از جدایه‌ها به پلاسمید pTG19 متصل با استفاده از آنزیم T4 لیگاز متصل شد. سازه ساخته شده با استفاده از روش شوک حرارتی درون سلول مستعد E.coli منتقل شدند. در مرحله بعد کلون ها را با روش پی‌سی‌آر کلونی تایید شدند و قطعه مربوط به ژن پروتئین حرکتی در کلون های مثبت تکثیر شد. از کلون های مثبت استخراج پلاسمید انجام گرفت و برای برش با آنزیم جهت خارج کردن قطعه و قرار دادن آن در پلاسمید بیان(pET28) آماده شدند. همچنین پلاسمیدهای استخراج شده جهت اطمینان از درج صحیح قطعه تعیین توالی شدند.
کلیدواژه ها:
آغازگر، توالی یابی، فیلوژنتیکی، همسانه سازی
وضعیت : مقاله برای ارائه به صورت پوستر پذیرفته شده است